دسته مهمی از بیماری­های حیوانات خانگی را شامل می­شوند، که عوامل بیماری­های عفونی را به سه دسته­ ی عمده­ باکتریایی، ویروسی، قارچی و انگلی تقسیم می­شوند.

بیماری­های ویروسی در سنین پایین­تر خطرناک­تر بوده و با علایم شدیدتری بروز پیدامی­کنند. بنابراین پایش و تشخیص به ­موقع بیماری­های رایج ویروسی در توله سگ­ها وبچه گربه­ ها از اهمیت بالایی برخوردار می­باشد. برخی از این بیماری­ها عبارتند از:

پارو ویروس و دیستمپر در سگ­ها و پنلوکوپنی، هرپس ویروس و کلسی ویروس در گربه­ ها، که تمامی این عوامل در واکسن­های سگ­ها و گربه­ ها بصورت مجزا وجود دارند و واکسیناسیون سبب ایجاد ایمنی بر ضد آنها می­ شود.

یکی از بیماری­های ویروسی مهم و مشترک با انسان، هاری است، که فوق العاده خطرناک بوده و لازم به ذکر است که درمان ندارد، به همین جهت انجام واکسیناسیون بطور منظم و سالیانه امری حیاتی است.

بیماری­های باکتریایی دسته­ی دیگری از عوامل ایجاد کننده بیماری­های عفونی هستند و می­توانند دستگاه­های مختلف بدن را درگیر کنند که از این میان می­ توان به ایجاد بیماری­های عفونی گوارشی، تنفسی، ادراری و تناسلی اشاره کرد. که پس از معاینه و تشخیص علت عفونت، درمان­های خاص هربیماری انتخاب می­شود.

رایج­ترین علایم بیماری­های انگلی و قارچی، در پوست، دستگاه گوارش و گوش بروز می­کنند. انجام روتین برنامه­ های ضدانگل و رعایت نکات بهداشتی تا حد زیادی از ابتلا جلوگیری می­کند.